Do rico espólio pertencente ao antigo paço Episcopal resta hoje um conjunto pequeno constituído essencialmente por iconografia religiosa, retrato e tapeçarias.

As tapeçarias datam do século XVI e provenientes de Bruxelas, evocando temáticas bíblicas e mitológicas de inspiração renascentista, como Ciro liberta os Hebreus e a História de Lot e cenas da História de Roma, pertenciam ao acervo do antigo Paço Episcopal.

As pinturas a óleo que fazem parte do espólio do Paço são em número reduzido, estando as mais emblemáticas em exposição permanente no Museu. Integradas na pintura do ciclo manuelino (século XVI) são seguramente provenientes das oficinas dos mais conceituados pintores nacionais e estrangeiros que laboraram em Portugal.

Destacam-se a Deposição de Cristo no Túmulo, de produção atribuída a Garcia Fernandes (act. 1514 – c.1560), Santo António, S. Pedro e o da Anunciação e uma Santa Face sobre madeira.